沙棘锈病容易在苗圃阶段发生。据宁夏王宽仓等调查，1986年9月西吉县黄家庄林场的苗木被害率达92.5％，引起大量叶片发黄、早枯，植株矮化、枯死。此病一般6--8月份发生，为害1～3年生苗木。在沙棘成林后，很少有大发生的机会。

沙棘锈病容易在密闭、潮湿条件下发生，所以在防治时要控制灌溉，及时松土，不要使圃地积水。如苗木过密，要适当间苗，使其通风透光。发现病芽及时剪除烧掉，或随采随埋。用化学药物防治时，在出现越冬病芽后进行一次喷药，而后每隔7天喷药1次，连续4次左右。药剂以200倍萎锈灵，或50～100倍的敌锈钠(加0．1％合成洗衣粉)为好。