种植类型和品种单一，不能根据栽培目标选择具有不同用途的优良品种。种植的种类仅为中国沙棘亚种和中亚沙棘(主要在新疆)亚种。而这2个亚种都存在着棘刺多、果型小、果柄短、难采摘等缺点。单一的种植类型和品种与落后的栽培技术组合，很难取得理想的效果。

    病虫害严重。近年来，部分沙棘分布区暴发的大面积沙棘木蠹蛾灾害，造成16万hm2的沙棘林受害，成为沙棘开发利用的主要限制性因素之一，对沙棘开发利用事业造成巨大损失。

    科学的科研体系框架没有形成。基础研究十分薄弱，科技含量相对较低，产业发展后劲不足。实质性国际合作有待提高。

    产品加工的高科技含量低。由于科研滞后，使加工业生产的产品水平和档次低，市场份额小，沙棘资源开发利用的程度低。市场培育较薄弱。由于从业者市场经验不足，市场营销策略和战略设计与实际相差较大，市场认可度较低。